人類は極限まで文明を発達させ自然を征服するが、「火の七日間」と呼ばれる最終戦争を引き起こす。高度な文明は滅び、瘴気（有毒ガス）が充満する「腐海」と呼ばれる菌類の森や獰猛な蟲（むし）たちを生んでしまう。それから千年余り、わずかに残った人類は、古（いにしえ）の文明の遺物を発掘して利用しつつ逞しく生きていた。腐海は拡大を続け、人類の生活を脅かしていた。
腐海のほとりにある辺境の小国「風の谷」は、大国トルメキアの戦乱に巻き込まれた。「風の谷」の族長の娘であるナウシカは、過酷な運命に翻弄されながらさまざまな人びとと出会い、自分自身と世界の運命、太古より繰り返されて来た人の業とも呼べる営みに向き合い、大国と小国そして腐海と人類との共生の道を探す。