新たなる冒険の旅に出たサトシ＆ピカチュウ、そしてヒカリたち一行は、可憐な女性・アリスと出会い、アラモスタウンへと向かう。その町のシンボルとされる〔時空の塔〕でポケモンコンテストが開催されるのだ。アラモスタウンには近頃、人々やポケモンたちに悪夢を見させる正体不明のポケモンが出現していた。町の名士・アルベルト男爵は、そのポケモンを捕獲するため、討伐部隊を編成する。そしてついに幻のポケモン・ダークライが姿を現した…

一方その頃、アリスの幼なじみの科学者・トニオは空間の異常現象に気付く。なんとアラモスタウン上空に〔時空の狭間〕が発生、神と呼ばれる二体のポケモン・ディアルガとパルキアが現れたのだ！決して出会ってはならないはずの二体とダークライが遭遇したとき、時空をもゆるがす史上最大の戦いの幕が切って落とされる!!