ファンの要望に応え、登場キャラが32人に増加！DS初の秒間60フレーム3D表示により、スピード感、なめらか感が向上。迫力ある奥義演出がDS上画面に3Dシーンとして表現されます。タッチパネルを使用し、アイテムを使用するなど、直感的な操作感も盛り込みました。前作同様、ワイヤレス通信機能を備え、対戦格闘が楽しめます。今作の新要素として、「木ノ葉の里」などの3Dフィールドを自由に移動できるモードが追加となり、よりナルトたちと一緒に本作の世界観を楽しめるようになりました。